نزدیک به نیم قرن پیش، از اواسط دهه 40 بود که جمعی از بزرگان حوزه علمیه اصفهان، همچون آیات عظام خادمی، صادقی، شهید شمس آبادی و جمع دیگری از علماء و خیّرین شهر شهید پرور اصفهان نیاز به احداث مساجد در مناطق و روستاهای محروم کشور به ویژه نقاط آسیب پذیر فرهنگی و اقتصادی را وظیفه دینی تشخیص داده و این حرکت مهم به توصیه آن حضرات آیات، توسط حضرت آیت ا... فقیهی که آن زمان از طلاب جوان بودند، آغاز گردید. حاصل فعالیت این بزرگان در سال های قبل از انقلاب و پس از آن تا سال 1386ساخت بیش از 60 باب مسجد در روستاهای دور دست و فاقد مسجد استان های چهار محال بختیاری، کهگیلویه و بویراحمد، هرمزگان، کرمان و کردستان بوده است. از سال 1386 این مؤسسه خیریه فعالیت رسمی خود را به صورت متشکل و سازمان یافته، تحت عنوان موسسه خیریه مسجدسازان الزهرا(س) اصفهان به شماره ثبت 2139 با مسئولیت ساخت مسجد، خانه عالم، حوزه علمیه و اقدامات فرهنگی و معیشتی، در روستاهای فاقد مسجد و مناطق محروم، زیر نظر حضرت آیت ا... حاج سید ابوالحسن مهدوی امام جمعه موقت و نماینده استان اصفهان در مجلس خبرگان رهبری به عنوان ریاست هیئت امناء و حضرت آیت ا... حاج شیخ احمد فقیهی از اساتید مجرب حوزه علمیه اصفهان، بعنوان ریاست هیئت مدیره جدید، آغاز نمود. از آن زمان (1386) تا کنون با مراجعه به مناطق محروم و بررسی و شناسائی روستاهای فاقد مسجد با همّت و مشارکت خیّرین گرامی و همیاری اهالی روستاها و همچنین همکاری ارگان ها و مسئولان منطقه، اقدام به احداث بیش از ۴۲۰ باب مسجد، خانه عالم و حوزه علمیه در مناطق محروم و آسیب پذیر ۱۴ استان کشور از جمله: اصفهان، چهار محال بختیاری، کهکیلویه و بویر احمد، سیستان و بلوچستان، هرمزگان، ایلام، کرمانشاه، خراسان رضوی، خراسان جنوبی، فارس، خوزستان، لرستان، کردستان و جنوب استان کرمان نموده و همواره مشغول فعالیت می باشند، که بیاری خدای منّان تا کنون نزدیک به ۳۵۰ مورد آن به بهره برداری رسیده است.